DNS lze v IPv6 nastavit třemi způsoby.
a) v DHCPv6
třeba tak, že RA oznamuje flag other-configuration a klient má pak použít stateless DHCP na získání DNS serverů. Pokud vím, tak mikrotik flag sice podporuje, ale nepodporuje stateless DHCP
b) v Router advertisiment.
Pak oznamuje přímo, současně s autokonfigurací adres. Oznamuje tam to, co je napsané v ip/dns konfiguraci. Jenže ne každý klient to umí zpracovat (windows do verze 7 určitě ne, desítky nevím).
https://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual/ND
c) ručně
Kašli na to. Zatím nemáš ipv6 only síť, ne? Čili úplně normálně a dostatečně stačí IPv4 DNS servery.